Ana dili Türkçe'nin yanında, Farsça, Rumca ve Arapça öğrendi. Ayrıca yüksek İslami ilimleri ve astronomiyi öğrendi. 1205'te Tokat'ın melikliğine (valiliğine) tayin edilerek devlet idaresini öğrendi ve tecrübe sahibi oldu. Babasının vefatı üzerine Sultanlığa ağabeyi birinci Keykavus seçildi. Bunu kabul etmeyip tahta geçmek isteyen Keykubad, Erzurum meliki Tuğrul Şah ile anlaşarak Kayseri'deki ağabeyinin üzerine yürüdü. Fakat taraftarları ağabeyi ile birleşince Ankara Kalesi'ne sığındı. Keykavus, Ankara Kalesi'ni kuşatarak Keykubad'ı ele geçirdi ve Malatya'daki Minşar Kalesine hapsetti. Sultan onu öldürmek istiyordu, ancak hocası Şeyh Mecdeddin Ishak buna engel oldu. İzzeddin Keykâvus'un 1220'de ölümü üzerine toplanan devlet adamları ve kumandanlar onun ölümünü bir süre gizledikten sonra, hapse atılmasında rol oynadıkları Alâeddin Keykubad'ı tahta çıkarmaktan çekiniyorlardı. Fakat özellikle Seyfeddin Ayaba, Mübarizüddin Çavli ve Şerafeddin Muhammed gibi devlet adamları Alâeddin'in sahip olduğu yüksek nitelikleri ve yetenekleri dolayısıyla tahta çıkarılmasında ısrar ettikleri için Alaeddin Keykubad'ın Anadolu Selçuklu sultani ilân edilmesi kararlaştırıldı. Seyfeddin Ay-aba daha önce Alâeddin Keykubad'ı hapishaneye kendisi götürdüğü için müjde haberini de kendisi vermek istedi ve Sultan İzzeddin Keykâvus'un yüzüğünü alıp Malatya'ya gitti. Alâeddin Keykubad onu daha önceki faaliyetlerinden dolayı affetti ve doğruca Sivas'a geldi. Taziyeleri kabul etti ve emîrlere hil'atler verdi. Bu törenlerden sonra başkent Konya'ya hareket etti. Konya'da çok görkemli törenler yapıldı. Konya büyükleri ve zenginleri sultana hediyeler yağdırdılar. Sultan Alâeddin de beylerine fermanlar gönderip payitahta gelmelerini emretti. Büyük emîrlerden olup Kastamonu yöresinde faaliyette bulunan Hüsameddin Çoban ve Seyfeddin Kızıl, altın, gümüş ve köle vb. hediyelerle, diğer emîr ve beyler de koyun, at, deve ve kölelerle gelip itaat arz ettiler ve sultanın ihsan ve ikramlarına nail olup mensurları yenileyerek yurtlarına döndüler. Abbasi halifesi Nâsir Lidinillah, Şeyh Şehabeddin Sühreverdî'yi hil'at, mensur ve diğer hükümdarlık alâmetleriyle Konya'ya gönderdi. Elçi Aksaray'a gelince Sultana haber verildi. Sultan onu karşılamak üzere emîrlerini görevlendirdi. Konya'daki kadı, âlim, mutasavvıf ve ileri gelen kişiler de Şeyh Şehabeddin'i karşılamaya gittiler. Daha sonra bizzat Sultan da hassa askerleriyle onu karşılayıp elini öptü. Şehre birlikte girdiler. Ertesi gün sultana hil'at, giydirildi ve saltanat tevcihiyle ilgili diğer âdetler icra edildi. Sultan halifenin gönderdiği murassa eyerli bir ata binip çetr, sancak ve mehter takımıyla bir gezinti yaptı. Daha sonra elçiyi kıymetli hediyelerle Bağdat'a yolcu etti. Halife Nasir Lidinillah elçisine gösterilen bu saygı ve itibardan dolayı çok memnun oldu.

Moğol tehdidinin en tehlikeli döneminde tahta çıkan Alâeddin Keykubad onlara karşı gerekli tedbirleri aldı. Konya, Kayseri, Sivas ve diğer bazı şehirlerin kale ve surlarını tamir ettirdi. Kardeşi devrinde Eyyubîlerle bozulan münasebetleri de yeniden müspet yönde kanalize etti. Eyyûbî hükümdari Melik Adil'in kızıyla evlenerek bu dostluğu daha da pekiştirdi.

Giyaseddin Keyhüsrev ve iki oğlu I. İzzeddin Keykâvus ile I. Alâeddin Keykubad'ın tahta çıkısında önemli rol oynayan emîrler devlet yönetiminde başlıca söz sahibi haline gelmişlerdi. Bunların başında Seyfeddin Ay-aba, Zeyneddin Basara, Mübarizeddin Behramsah ve Bahaeddin Kutlugca geliyordu. Sultan Alâeddin daha önce ağabeyi İzzeddin Keykâvus'u desteklemiş oldukları için bu emîrlere tam anlamıyla güven duymuyordu. Emîrler de sultana karşı memnuniyetsizliklerini dile getiriyorlardı. Sultanin Sivas surlarının tamirini emretmesiyle bu memnuniyetsizlik daha da netleşti. Emîrler Seyfeddin Ay-aba'nın evinde bir komplo düzenleyip Celaleddin Keyferidun'u ağabeyi Alâeddin Keykubad'ın yerine tahta çıkarmayı kararlaştırdılar. Sultan bunu haber alıp Antalya'dan Kayseri'ye hareket etti ve 24 kişi oldukları söylenen emîrlerin bazılarını idam ettirdi, bazılarını da hapse attırarak mallarını müsadere etti.