Jüpiter’in atmosfer yapısında yüksek oranda hidrojen ve helyum bulunur. Aynı zamanda su damlacıkları, su ve amonyak kristalleri de içerir. Yüzeyini beyaz ve açık sarı renklerde oluşmasının sebebi, bulutların içinde amonyak kristallerin bulunması. Bazı kısımlarının kahverengi - turuncu renginde görünmesinin sebebi ise içinde amonyum hidrosülfür bulunan bulutlardır.