İlçemiz Bozkır ilçesine bağlı iken 1990 yılında ilçe olmuştur. İlçemizin tarihi hakkında söylentilerden öte geçmeyen rivayetler vardır Bu rivayetlere göre eski saraylar mevkisi denilen yerde kalıntılar mevcut olup ilk yerleşim alanının orası olduğu anlaşılmaktadır.
iki yüzyıl kadar önce yerleşim alanı olan yer toprak kaymasına elverişli olduğu bir toprak kayması sonucu şimdiki bulunduğu yere taşındığı söylenilen en güçlü rivayettir. Başka bir rivayete göre de İlçenin tarihi Bizans'a kadar uzanmaktadır.
Şimdiki yerleşim alanına ise toprak kayması veya deprem sonucu değil de göl alanının daralması sonucu taşınıldığı yönünde rivayet vardır
Şimdilerde kurumuş olan suğla gölünün iki yüz yıl önce daha geniş alanda olduğu, zamanla suların çekilerek göl alanının daraldığı', yaşayan insanların da gölden daha iyi istifade edebilmek için şimdiki yerleşim alanına taşınıldığı söylenmektedir.
İlçe merkezinin kenarında bulunan höyük devlet tarafından SİT alanı ilan edildiğinden imara kapalı olup, şimdiye kadar hiçbir arkeolojik inceleme yapılamamıştır. Bu nedenle ilçenin kuruluşu hakkında kesin bir bilgi kaynağı olmayıp, bilinenler söylentilerden oluşmaktadır.
İlçenin adlarını çevrenin coğrafi özelliklerine uygun olarak aldığı sanılmaktadır. Bulunduğu mevkide göl alanının bulunması (evlerin göl bitişiğinde oluşu) ve höyük kenarında kurulan yerleşim yerinin höyük ile göl arasında olması nedeni ile gölden Yalı höyükten de HÜYÜK adını alarak her ikisinin birleşmesi ile YALIHÜYÜK ismini aldığı sanılmaktadır.
İlçemizde önemli bir tarihi eser bulunmamaktadır. Yalnız ilçe merkezinde bulunan minarenin üzerindeki kitabede Rumi 1296 tarihinde yapıldığı anlaşılmaktadır.
Ayrıca Bizanslılardan kalma resimli taşlar bulunmuş, bu taşlar halk tarafından çeşitli zamanlarda çeşitli binaların yapımında kullanılmıştır.