Türkiye'de profesyonel liglerin başladığı 1959'da Milli Lig adıyla kurulan Süper Lig'in başlangıcından itibaren 19 sene aralıksız İzmir'i Süper Lig'de temsil eden Göztepe, özellikle teknik direktör Adnan Süvari döneminde önemli başarılara imza attı.
Türk futboluna "Buldozer" Fevzi Zemzem, kaptanlar "İngiliz" Nevzat Güzelırmak, "Kestane" Gürsel Aksel, "Çarli" Çağlayan Derebaşı, "Panter" kaleci Ali Artuner gibi isimleri kazandıran sarı-kırmızılı ekip, 1968-1969 sezonunda Türkiye'yi temsil ettiği Avrupa Fuar Şehirleri Kupası'nda yarı finale kadar yükseldi.
Göztepe, Avrupa kupalarında bu başarıyı gösteren ilk Türk takımı olmuştu.
2002-2003'te Süper Lig'e veda ettikten sonra yaşadığı ekonomik sıkıntılarla amatör kümeye kadar gerileyen Göztepe'nin ticari ve iktisadi bütünlüğü TMSF tarafından devralındı.
2007'de ihaleyle Altınbaş Holding iştiraki Assos Perakende Mağazacılık ve Sportif Hizmetleri AŞ tarafından 1 milyon 305 bin liraya satın alınan kulüp, 2007-2008'de TFF 3. Lig'e yükselme müsabakalarında başarılı olamasa da 2008-2009 sezonunun başında Aliağa Belediyespor'un isim haklarını alarak TFF 3. Lig'de mücadele etmeye başladı.
Altınbaş Holding, 2014-2015 sezonu başında hisselerini Mehmet Sepil'e devretti. 2016-2017 sezonu bitiminde tekrar Süper Lig'e dönen Göztepe, profesyonel liglerde 62. sezonunu geçiriyor.
62 sezonda 1999 karşılaşma
Profesyonel liglerde play-off karşılaşmaları hariç 1999 maça çıkan Göztepe, bu müsabakalarda 779 galibiyet, 554 beraberlik ve 666 yenilgi yaşadı. Karşılaşmalarda 2 bin 533 gol atan sarı-kırmızılı ekip, kalesinde 2 bin 313 gol gördü.
Göztepe, Süper Lig'in 19. haftasında oynayacağı İttifak Holding Konyaspor karşılaşmasıyla profesyonel liglerdeki 2000'inci, Süper Lig'deki 900. maçına çıkacak.
İzmir temsilcisi, 62 sezonun 29'unda Süper Lig'de, 25'inde 1. Lig'de, 5'inde 2. Lig'de ve 3'ünde de 3. Lig'de mücadele etti.
En başarılı sezonu 1990-1991
1. Lig'de mücadele ettiği 1990-1991 sezonunda 34 maçta 25 galibiyet, 4 beraberlik ve 5 yenilgi yaşayan Göztepe, yakaladığı yüzde 73,5 galibiyet oranıyla en başarılı sezonunu geçirdi.
Sarı-kırmızılı ekip, aynı ligde yer aldığı 1977-1978 sezonunda ise yüzde 70 galibiyet oranıyla mücadele etti.
Süper Lig'i 1981-1982 sezonunda yüzde 12,5 ve 1974-1975'te yüzde 13,3 galibiyet oranlarıyla tamamlayan İzmir temsilcisi, en başarısız sezonlarını geçirdi.
İlk gol Tuncer Çeliktaş'tan
Göztepe'nin profesyonel liglerde ilk golünü 8 Mart 1959'da Karşıyaka ile oynanan karşılaşmada Tuncer Çeliktaş kaydetti.
Sarı-kırmızılı ekibin 500. golüne 1971-1972 sezonunda Mehmet Fahri Türken, 1000. golüne 1985-1986 sezonunda Hüsnü Akın, 1500. golüne 1995-1996 sezonunda Tacettin Bakacak, 2000. golüne ise 2008-2009 sezonunda Mert Somay imza attı.
Sarı-kırmızılı ekibin 2500. golünü de geçen sezon ikinci devredeki Trabzonspor karşılaşmasında Alpaslan Öztürk kaydetti.
Profesyonel liglerde 1999 maç
Göztepe'nin profesyonel liglerde oynadığı 1999 maçın liglere göre dağılımı şöyle:
| Ligler | Sezon | O | G | B | M | A | Y |
| Süper Lig | 29 | 899 | 289 | 280 | 330 | 978 | 1071 |
| 1. Lig | 25 | 834 | 373 | 202 | 259 | 1200 | 949 |
| 2. Lig | 5 | 170 | 78 | 50 | 42 | 246 | 174 |
| 3. Lig | 3 | 96 | 39 | 22 | 35 | 109 | 119 |
| TOPLAM | 62 | 1999 | 779 | 554 | 666 | 2533 | 2313 |