65 ilden 111 takımın katılımı ile 5 Nisan 2018 tarihinde başlayan Türkiye Şampiyonasında oynanan birinci ve ikinci kademe müsabakaları sonunda 4 takım finale katılma hakkı kazandı.
Finalist takımlar olan Atakum Belediyespor (Samsun), DSİ Spor (Diyarbakır), Fethiye İdmanyurduspor (Bursa) ve Muğlaspor'un katılacağı U16 Türkiye Şampiyonası kura çekimi 10 Mayıs 2018 tarihinde Konya'da yapılacak. Kura çekimi sonrası oluşacak eşleşme ile 11 Mayıs 2018 tarihinde yarı final, 12 Mayıs 2018 tarihinde final müsabakaları oynanacak.