Yarkend Hanlığı (1514-1696): 1532’de son seferini Tibet üzerine düzenleyen Sultan Said Han, bu sefer sırasında ölmüş, yerine oğlu Sultan Abdurreşid (1533-1560) geçmiştir.

    Abdurreşit Han’ın 1560 yılında ölümü üzerine yeni han, oğlu Abdulkerim (1560-1591) olmuştur. Abdulkerim Han dönemi hanlığın sonraki tarihini etkileyecek çok önemli gelişmelerin yaşandığı bir devir olmuştur. Hanlığın sonraki tarihinde önemli rol oynayacak Kırgızlar, Kalmuk baskısı nedeniyle hanlığa yoğun şekilde göç etmişler, yine bu dönemde Mahdum-ı Azam Hoca Ahmed Kâsânî’nin (1461-1542) oğlu Hoca Muhammed İshak Veli (ö. 1599) hanlığa gelmiştir. Kısa sürede kalabalık bir mürit kitlesine sahip olan bu tarikat şeyhi ile Abdulkerim Han anlaşamasa, hatta han onu ülkeden sürgün etse de İshak Veli halifeleri aracılığıyla hanlıktaki nüfuzunu koruyabilmiştir.

    Abdulkerim Han’dan sonra tahta çıkan Muhammed Han (1591-1609) dönemi hanlığın en güçlü dönemidir. Ancak yine de onun iktidarının üçüncü yılında Buhara Hanlığı işgali, ancak Karadağlı Hocalar Cemaati’nin 5.000 kişiyi bulan müridinin desteği ile engellenebilmiştir. Bunun üzerine han, sürgündeki İshak Veli’yi hanlığa davet etmiş, ancak o kendi gelmek yerine oğlu Hoca Şadi (Muhammed Yahya Hoca)’yi göndermiştir. Babasının ölümünden sonra tarikatın lideri olan Hoca Şadi hanlıkta günden güne nüfuz kazanmıştır.

   Abdullah Han (1636-1667) hanlığın son muktedir hükümdarı olsa da, o tahta çıkışını Karadağlı Hocalar Cemaati’nin desteğine büyük oranda borçlu olduğu için bu cemaat onun devrinde daha da güçlenmiştir.

    Bunun yanı sıra, 17. yüzyılın başından itibaren Hoca Muhammed İshak Veli’nin ağabeyi Hoca Muhammed Emin (İşan-ı Kelan) soyundan olan Muhammed Yusuf Hoca hanlığa gelerek o da çalışmalara başlamış ve kısa sürede onun da mürit kitlesi önemli bir yekûna ulaşmıştır. Bu cemaat ise Akdağlı Hocalar Cemaati olarak anılmıştır.

    Ne var ki, kısa süre içinde Akdağlı Hocalar ile Karadağlı Hocalar Cemaati arasındaki rekabet hanlık otoritesini sarsan bir düzeye ulaşmıştır. Tahta çıkan hanlardan biri bir cemaatin üyesi iken diğeri diğer cemaatin müridi olmuştur. Kendi tarafında yer almayan han iktidara çıktığında o cemaat üyeleri ağır takibat ve zulme uğramıştır. İki cemaat arasındaki bu anlaşmazlık hanlığı büyük zarara uğratmıştır. Bunun yanı sıra, hanlıktaki kabilelerin de birbirleriyle rekabeti ve iktidara yakın olma mücadeleleri ile bir yandan Kırgızların bir yandan da Cungarların hanlığa yönelik seferleri, hanlığın gücünü günden güne tüketmiştir.

    Akdağlı Hocalar Cemaatinin şeyhi Hoca Afak (Hidayetullah Hoca, Apak Hoca, ö. 1694), 1670’li yılların sonunda mücadeleyi kaybederek hanlıktan sürgün edilince, bir süredir Tanrı dağlarının kuzeyinde hüküm sürmekte olan Cungar Hanlığı’na gitmiş ve bu devletin hükümdarını Yarkend Hanlığı’nı işgale teşvik etmiştir. Bu talebe olumlu yanıt veren Cungar hanı, 1680 yılında hanlığı işgal etmiş, böylece hanlık yaklaşık 16 yıl Cungar Hanlığı’na bağlı vaziyette yaşamaya devam etmiştir. Ancak cemaatler ile kabileler arasındaki rekabet hanlıktaki huzursuzluğu artırınca 1696 yılında hanlığa son verilmiş, müteakiben 1759 yılına kadar hüküm sürecek olan Hocalar Devleti ortaya çıkmıştır

   Doğu Türkistan’da 1759 yılından Yakup Bey’in 1867 yılında devletini kuruncaya kadarki devre, birinci Çin işgali dönemi olarak adlandırılabilir. İşgal ile birlikte Çin için bin yıllık bir hayal gerçek olmuş, 751 yılında yapılan Talas Savaşı’ndan sonra bir daha hükmedemediği topraklara tekrar sahip olmuştur. Yakup Bey başlangıçta Doğu Türkistan’da Hokand Hanlığı’nın çıkarlarını korumakla görevlendirilmiş olsa da, hanlığın Rus işgaline uğraması durumu değiştirmiş, Hokand kökenli 7.000 askerin temelini oluşturduğu profesyonel bir ordu kurarak 1867 yılında Kaşgar şehrine hâkim olmuş ve kendi hükümdarlığını ilan etmiştir.

   1872 yılına kadar, İli ve Urumçi bölgeleri de dâhil olmak üzere bütün Doğu Türkistan’a sahip olan Yakup Bey’in esasında ne siyasi olarak ne de dinî olarak bir asaleti yoktu. Dolayısıyla kontrolü elinde tutabilmek için kendisine tabi ve sayısı 40.000 olarak ifade edilen sadık bir ordu oluşturarak üst düzey devlet görevlerine (hem merkezde, hem de eyaletlerde) de Hokand kökenlileri atamıştır. Hükümdar soyundan olmadığı için han unvanı kullanmamış, bunun yerine daha çok ‘Bedevlet’ ve ‘Atalık Gazi’ unvanları ile yetinmiştir. Hanedan soyundan olmama eksikliğini şeriata ve dinî yapılara önem vererek gidermeye çalışmıştır.

   Bu arada Çin ile de ilişki kurmaya gayret gösteren Yakup Bey’in bu teşebbüsü ters tepmiş, İngiltere’nin arabuluculuğunu istemesine rağmen bunun bir yararı olmamıştır. 1876 yılında Çin ordusu harekete geçmiştir. Ne var ki, Yakup Bey’in, askerlerine Çin ordusuna ateş açmayı yasaklaması ve diplomatik yollarla meseleyi halledeceğine inanması devletinin sonunu hazırlamıştır. 1877 yılının Mayıs ayının sonunda vefat etmesi işleri hepten zora sokmuş, Çin ciddi bir direnişle karşılaşmadan iki ay içinde bütün Doğu Türkistan’ı tekrar işgal etmiştir. Böylece Doğu Türkistan’da ikinci Çin yönetimi dönemi başlamıştır.

   ‘Tarih tekerrürden ibarettir!’ deniliyor. Hiç ibret alınsaydı tarih tekerrür eder mi? Millet olarak çok köklü bir geçmişe sahibiz. Bu köklü geçmişimizde olanları ancak tarihimizi okumakla öğreniriz.  Bu öğrendiklerimiz, hem bugünümüze hem de geleceğimize ışık tutar. Geriye ne kadar çok bakarsak ileriyi, daha ileriyi görürüz. Bugün yaşadıklarımız, gelecekte yaşayacaklarımız insanlığın ilkleri değildir.